Trích đánh giá của Hồ Song:

Trong những tác phẩm tuyên truyền cách mạng của Phan Bội Châu, mà chủ đề bắt nguồn từ lịch sử dân tộc Việt, Việt Nam quốc sử khảo có một bản sắc riêng. Tác phẩm này, không phải là một tiểu thuyết lịch sử như Trùng Quang tâm sử; không phải là truyện những người đồng chí đã hy sinh cho nghĩa lớn như Việt Nam nghĩa liệt sử, Truyện Phạm Hồng Thái, Chân tướng quân (viết về Hoàng Hoa Thám)...; cũng không phải là một tác phẩm trong đó những xúc động mãnh liệt, những thuyết lý về nhân sinh nhiều khi lấn át phần sử liệu, như trong Việt Nam vong quốc sử. Khác với những tác phẩm nêu trên, Việt Nam quốc sử khảo mang tính sử học rõ rệt.

Chung quan điểm với Georges Boudarel đã ghi trên, Hồ Song viết tiếp:

Tuy công trình không đồ sộ, nhưng với tác phẩm này Phan Bội Châu đã hoàn toàn thoát khỏi cách nhìn lịch sử dân tộc như là sự tiếp nối của những vương triều, của những năm tháng...trong đó hành vi, ngôn từ của vua chúa cũng như điềm lành, điềm dữ của trời đất là đối tượng chủ yếu được lượt thuật. Ở đây, những truyền thuyết, dã sử cũng như vận nước, mệnh trời cũng không phải là những cứ liệu để Phan Bội Châu giải thích lịch sử.

Tuy nhiên, vì là một công trình biên khảo theo một chủ đề định hướng, cho nên Phan Bội Châu chỉ sử dụng những sử liệu phù hợp với ý định của mình; và chỉ tập trung khảo sát, bàn luận kỹ chủ đề bảo vệ Tổ quốc, bảo vệ độc lập dân tộc trước sự uy hiếp của ngoại bang. Còn phần dựng nước, phần tổ chức chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội...hầu như chưa được đề cập đến. Nhược điểm ấy, làm cho sự khảo sát thiếu toàn diện, nhưng đã tạo điều kiện cho Phan Bội Châu có thể liên kết mật thiết việc dựng lại quá khứ với nhiệm vụ nóng bỏng trước mắt là cứu nước, giải phóng dân tộc. Tác giả Hồ Song đã nhận xét như vậy.